Fungusların Sınıflandırılması ve İsimlendirme

Fungusların Sınıflandırılması ve İsimlendirme

 

4. FUNGUSLARIN SINIFLANDIRILMASI VE İSİMLENDİRİLMESİ

4.1 Sınıflandırma

Sınıflandırma, yani taksonomi, objelerin belirlenen kategorilere yerleştirilmesidir. Bilimsel isimlerin fungusların yerleştirilebileceği kategorilere uygulanması ve bu kategorilerin ilgili (bağlantılı) sırası uluslar arası kabul edilen tüzüklerle yönetilmektedir. Henüz tüm dünyaca benimsenen bir tanımı olmamasına rağmen tür (species) kategorisi (kademesi) temeldir. Tür altı kademelerde; patojenik, fizyolojik veya biyokimyasal karakterlere dayalı kademelerde bazı güçlükler olmasına rağmen tür altı ve türün üstünde cinsten takıma kadar olan kademelerde oldukça iyi bir anlaşma vardır.  Takım (order) üzerindeki, özellikle sınıf üzerindeki kademelerde kullanımda daha fazla ayrılıklar (sapmalar) vardır. Çünkü tüzükteki familya üstündeki öncelik kuralları uygulanmamaktadır yani beliritlmemektedir. Aşağıda çizelgede sunulan koyu renkli son ekler tüzükte funguslar için kabul edilenlerdir. Değişik kademelerin bağlantılı kademeleri değiştirilmemelidir, aksi halde isimler geçersiz sayılır. İlave kademeler eklenebilir, yeter ki hata veya karmaşa oluşturmasın. Kirk ve ark. (2008) göre fungus sınıflandırılmasında kullanılan taksonlar ve aldıkları son ekler Puccinia graminis f. sp. avenae   fungusu örnek alınarak aşağıda gösterilmiştir (Çizelge 4.1).

Çizelge 4.1 Fungus sınflandırılmasında kullanılan taksonlar ve aldıkları ekler

Süper kingdom (Domain)	Eucaryota
Kingdom	Fungi
Subkingdom
Phylum (Division)	Basidiomycota
Subphylum (subdivision)	mycotina
Class	Teliomycetes
Subclass	- mycetidae
Order	Uredinales
Suborder	-ineae
Family	Pucciniaceae
Subfamily	-oideae
Tribe	Pucciniaea
Subtribe	-inae
Genus	Puccinia
Subgenus	Puccinia
Species	Puccinia graminis
Subspecies	Puccinia graminis subsp.graminis
Variety	Puccinia graminis var. stackmanii
Special form	Puccinia graminis f.sp. avenae
Physiologic Race	P. graminis f.sp. avenae Race 1

 

Takım üzerindeki kademelerin kullanımında özellikle bir değişkenlik vardır ve farklı yazarlar belli kategorileri kullanma veya kullanmama eğilimindedirler. Tüzükte fungusları yöneten “Division” özellikle ilginçtir. Onun dengi olan ve zoolojide kullanılan “phylum” vir alternatif olarak kabul görmüştür. “kingdom” üzerindeki kademe, özellikle moleküler phylogeny ile delillendirilmiş olduğu için artık bir gereksinim olarak “Domain” geniş çapta kullanılmaktadır. Daha yüksek taksonomik kategoriler için isimlendirme tüzüğünün kullanılıp kullanılmamasına göre ve bundan da öte fungusları ele alan tüzüklere göre isimlerin fungus mu, alg mi oluşuna göre uygun farklı son ekler mevcuttur. Örneğin, algler için phylum sonu,-phyta, -mycota değil; sınıuf sonu için ise          -phyceae, –mycetes değil.

 

Belirtmek gerekir ki, mevcut tüm kademeler bazı funguslar için kullanılmazlar ve mikologlar arasında ana kademeler arasındaki kademeleri kullanmama eğilimi giderek artmaktadır. Morfolojik olarak aynı olan fungusları konukçu reaksiyonlarına göre ayırmayı arzu eden mikologlar  için special form (f.sp.) kategorisi mevcuttur.  Special form’ lar tüzük tarafından yönetilmez, ilgili mikologlar arasında anlaşılmış rakamlar ile fizyolojik ırkların belirtilmesi için de bir bildirim yoktur. Önemli kesiklikleri temsil etmek üzere kararlaştırılan herhangi bir özellik, ister biyolojik, morfolojik, ultra yapı ister moleküler olsun sınıflamada kullanılabilir. Familya düzeyi üzerindeki Özellikle, çoğalma yapıları, ultra yapı, moleküler deliller (kanıtlar) a özellikle ağırlık verilmektedir.

 

Bilimsel isimlerin yazılımı ile ilgili uygulamalar farklı ülkelerde değişiklik göstermektedir. Tüzük hepsi için tür isimlerinin ayrılmasını emreder ve italik yazım genelde kullanılmaktadır. Fakat familya düzeyinde ve onun üstündeki uygulamada bir birlik yoktur. Fungusları yöneten tüzük tüm bilimsel isimlerde, kategorisi ne olursa olsun italik yazım kullanır, örneğin; Fungi, Ascomycetes, Lecanorales, Russulaceae gibi).

 

Funguslar önceleri 2’li alem de ( Plantae ve Animale ) bitkilere benzediğinden Plantae aleminde yer almıştır. 1869 yılında Smith üçlü alemi öne sürmüştür (Metaphyta, Metazoa ve Protista), burada funguslar protista içinde yer almıştır. Daha sonra Whittaker 1969 da 5 li alemi önermiştir (Kirk ve ark. 2001). Buna göre de 1. Plantae (Bitkiler alemi) 2. Animale (Hayvanlar alemi) 3. Fungi (Funguslar alemi) 4. Protista (protozoalar alemi) 5. Monera (Bakteriler, Cyanofitler vd.) Son yayınlarda canlılar çekirdek yapıları göz önüne alınarak procaryota ve eucaryota olarak 2 üst aleme ayrılmıştır. Burada funguslar Eucaryota üst Alemine dahil edilmiştir. Eucaryota üst alemide 5 Aleme ayrılmıştır (Çizelge 4.2).

 

Çizelge 4.2 Canlıların beşli aleme göre sınıflandırılması (Kırk ve Ark. 2001)

Özellik	Animalia	Chromista	Fungi	Plantae	Protozoa
Beslenme	Heterotrophic (phagotropic veya osmotropik)	Autotrophic (fotosentetik veya absortif)	Heterotrophic (absortif veya osmotrophic)	Autotropic (fotosentetik)	Heterotrophic (phagotrophic) veya autotropic)
Hücre duvarları	Yok  Selülozik madde üretilmez	Çoğunlukla selülozdur. Kitin ve B glukon  yok	Kitin ve B glukanlar var	Selüloz ve diğer polisakkarit	Yok veya olduğunda değişik
Mitokondrial cristae	Yassılaşmış düz nadiren tubular	Tubular	Yassılaşmış düz	Yassılaşmış düz	Tubular
Flagellar mastigonemler	Yok	Tubular	Yok	Yok	Tubular değil

 

4.2 İsimlendirme (Nomenclature).

Bir sistematikçinin resmi olarak tanınmasını düşündüğü bir birime, bilimsel isim verilmesine nomenclature adı verilmektedir. Fungusların (chromista, liken oluşturan funguslar, akışkan funguslar ve mayalar dahil isimlendirilmesi  International code of botanical nomencature (en son baskısı Mc. Naill et al., (eds.) 2006. Regnum veg. 138) tarafından yönetilmektedir. Bu tüzük Uluslar arası botanik kongrelerinde uyarlanmıştır. Hiç birinin yıllardır “Bitkiler aleminde” ele alınmamasına rağmen fungi, chromista ve akışkan fungusların “Botanik” tüzüğü altında ele alınması bazı araştırıcılarca tenkit edilmektedir, bu da kuşkusuz mikoloji üzerinde önemli bir etki oluşturmaktadır. Bu tüzüğün değiştirilmesi için herhangi bir öneri Taxon yayınında basılmaktadır ve yukarıda adı geçen kongrelerde ilgili seksiyonlarda tartışılmakta ve oylanmaktadır. Farklı baskılarda kurallar değişebileceği için daima en son baskıya başvurulmalıdır. Bu kongre, funguslarla ilgili önerileri ve alınacak kararları incelemek üzere bir bir komisyon (CF) atam aktadır. Bu tüzük taksonomik grupların kalıcı bir isimlendirme metodunu sağlamayı ve hata veya belirsizlik oluşturan isimlerin kullanımını veya bilimin karmaşaya uğramasından kaçınılmasını amaçlamaktadır.

 

Bu tüzük, uyulması zorunlu olan 6 prensip ve 62 maddeden, tavsiyelerden (zorunlu olmayan fakat iyi olan uygulamalar) ve değişik eklerden oluşmaktadır. Bu tüzük herhangi bir taxon’un mümkün olduğu kadar çok doğru isime olanak tanımasına göre dizayn edilmiştir. Taksonomik kararlar alındığında bu tüzük isme uygulanacak kurallara karar vermektedir; herhangi bir pozisyonda ve kademede her bir taxon tek bir doğru isim içerebilir.

 

Bir taxon için doğru ismin tespitinde 5 aşama (basamak) takip edilmelidir. Bunlar;

 

Etkili yayın (Effective publication). Etkili olarak yayımlanmış olması için isimler kamuya açık veya en azından botanikle ilgili enstitülere dağıtılmış basılı yayın (süreli yayın veya kitap) olmalıdır.

 

Geçerli yayın (Valid publication). Bir yayının geçerli olması için 5 koşulu sağlaması gerekmektedir. Bunlar; a) doğru bir şekil içermeli, b) Latince bir tanım olmalı, c) yazar tarafından kabul edilmeli ve tüzükte belirtilen özel durumlara uymalı, d) kademenin net bir şekilde belirtilmesi, e) tip ve tipin saklandığı yerin verilmesi gerekmektedir.

 

Tipleme (Typification). Familya altındaki tümkademeler tek bir kolleksiyona dayanmalıdır. Tip tür kuru olarak saklanmalıdır.

 

Geçerlilik (Legitimacy). Tüzüğün bazı isteklerine uymayan geçerli yayımlanmış isimler geçerli değildir.

 

Öncelik (Priority). Yayının önceliği bir taxon için doğru ismi belirler. Bir taxon’ un doğru olan dışındaki isimleri synonym’ dir.

 

Tüzük eşeyli dönemleri olan türler için her 2 ismin verilmesini kabul etmektedir. Her ismin bir otoritesi (author) vardır.

 

İlk uluslararası isimlendirme Linne tarafından Species Plantarum adlı eserde kullanılmıştır. İsimler cins ve tür ismi olarak 2 kelime ile ifade edilir. Yani isimlendirme Binomial’ dir ve Latince esas alınır. İlk isim cins ismidir. Büyük harfle başlar. İkinci isim cinsi tanımlayan tür ismidir küçük harfle başlar. Her iki isim de yazılırken altları çizilir, veya italik yazılır.Türe ilk ismini veren kişinin ismi kısaltılarak binomial’dan sonra parantez içinde yazılır, son isimlendiren şahsın ismi yine kısaltılarak parantez dışında yazılır. Bu nedenle bir türe birden fazla isim verilmiş olabilir. Doğru isim ilk olarak kimin tarafından kullanılmış ise geçerli isim odur.

 

Örneğin Çimlerde kök çürüklüğü yapan fungus Fusarium poae (Peck) Wollenw. Bu türe ilk ismi Sporotrichum poae olarak Peck vermiştir. Son ismi ise Wollenw.  Fusarium poae olarak verdiği için bu fungusun geçerli ismi Fusarium poae (Peck) Wollenw. dir. Sporotrichum poae Peck. bunun sinonimidir. Bazen türler arasındaki ayırımı belirtmek için üçüncü bir isim eklenebilir. Bunlar türler içinde special formlar veya varyeteler olabilir. Örneğin Kara Pasın sadece buğdayı hastalandıran formu Puccinia graminis f. sp. tritici olarak adlandırılır.

 

4.3 Fungusların tanımı ve tanısı

Bir fungusun isimlendirilmesi için öncelikle o fungusun bir tanımı (description) yapılır. Bu tanımda fungusun Latince ve bir geçerli dil olmak üzere farklı dillerde özellikleri verilir. Eğer fungus başka bir fungusa benziyorsa ondan farklı özellikleri de bu tanımda verilir. Bir fungus cinsi ilk defa tanımlanıyorsa bu kaynak yayında gen. nov. (genus novum yani yeni cins) ekleri kullanılır. Tür de ilk defa tanımlanıyorsa o zaman sp. nov. (species novum, yani yeni tür) ekleri yer alır. İsimlendirmede verildiği gibi bu fungusun yazar isimleri (author) bu fungusun tanımını yapanlardır.

 

Tanı, yani teşhis, herhangi bir fungusun daha önce özellikleri bildirilmiş (tanımı yapılmış) bir fungusa uyup uymadığının ortaya konmasıdır. Yani elde ettiğimiz bir fungus, önceden tanımlanan hangi fungusa uyuyorsa bu fungusun teşhisi odur. Funguslarta tanı (teşhis) şu anda genellikle tanımda kullanılan morfolojik özellikler bakılarak yapılmaktadır. Ancak bazı fizyolojik ve kimyasal özellikler de bazı fungusların tanımında yer almaktadır, dolaysı ile tanıda bunlar da aranmaktadır. Son zamanlarda tanıda moleküler özellikler de kullanılmaktadır. Özellikle rDNA bölgelerinin baz sırasının larşılaştırılması artık sıklıkla kullanılmaktadır. Bunun yanında bazı gen bölgelerinin baz sırası da artık tanıda yardımcı olmaktadır. Bunların yanında fungus tansına yardımcı olan yöntemler de vardır. Örneğin, spesifik primer ler yardımıyla PCR yöntemi, bazı boyama yöntemleri bu amaçla kullanılmaktadır.